Folddisco を使用してタンパク質の世界全体の構造モチーフを検索 – Nature Biotechnology

Folddisco を使用してタンパク質の世界全体の構造モチーフを検索 – Nature Biotechnology


  • Bartlett, GJ、Porter, CT、Borkakoti, N. & Thornton, JM 酵素活性部位の触媒残基の分析。 Y.モル.スタンピング。 324105–121 (2002)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • Fernandez-Fuentes, N.、Dybas, JM & Fiser, A. 新しいタンパク質フォールドの構造特性評価。 PLoS コンピューティング。スタンピング。 6e1000750 (2010)。

    記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • OC レッドファーン、B. デサイー、カリフォルニア州オレンゴ 構造機能パラダイムの検討。 カー。意見。構造。スタンピング。 18394–402 (2008)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Pabo, CO、Peisach, E. & Grant, RA 新規 Cys2His2 ジンクフィンガータンパク質の設計と選択。 私たちはヨムの司祭です。 70313–340 (2001)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • 周、Qら。クラス A GPCR の共通の活性化メカニズム。 eライフ 8e50279 (2019)。

    記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • スヴェドベリ、D. et al.配列および構造ベースの類似性を使用した、改変されたゲノムの機能的アノテーション。 BMCゲノミクス 256 (2024)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Steinegger, M. & Söding, J. MMseqs2 は、大規模なデータセットの分析のための高感度のタンパク質配列検索を可能にします。 ナット。バイオテクノロジー。 351026–1028 (2017)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • Paysan-Lafosse、T. et al. 2022年のインタープロ。 核酸研究所 51D418–D427 (2023)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • ジャンパー、J. et al. AlphaFold による高精度なタンパク質構造予測。 自然 596583–589 (2021)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • ヴェルディ、M.など。 2024 年の AlphaFold タンパク質構造データベース: 2 億 1,400 万を超えるタンパク質配列の構造をカバーします。 核酸研究所 52D368–D375 (2024)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • リン、Zなど。言語モデルを使用した原子レベルのタンパク質構造の進化スケールの予測。 科学 3791123–1130 (2023)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • ヴァン・ケンペン、M.ら。 Foldseek を使用した高速かつ正確なタンパク質構造検索。 ナット。バイオテクノロジー。 42243–246 (2024)。

    論文 PubMed Google Scholar

  • ルペルティ、F.ら。構造予測とアライメントによるトランスフィラメントタンパク質のアノテーション。 ゲノムバイオル。 24113 (2023)。

    記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Bittrich, S.、Burley, SK、Rose, AS 逆インデックス戦略を使用したタンパク質のリアルタイム構造モチーフ検索。 PLoS コンピューティング。スタンピング。 16e1008502 (2020)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • バーリー、SKら。 RCSB タンパク質データ バンク内の実験的に決定された PDB 構造および計算された構造モデルの研究のためのリソースを更新しました。 核酸研究所 53D564–D574 (2024)。

    Google Scholar の記事

  • Cia, G.、Kwasigroch, J.、Stamatopoulos, B.、Rooman, M. & Pucci, F. pyScoMotif: タンパク質全体で類似した 3D 構造モチーフの発見。 バイオインフォマティクス。もっと 3vbad158 (2023)。

    記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Zhou, J. & Grigoryan, G. 三次フラグメントの迅速な検索により、タンパク質の配列と構造の関係が明らかになります。 タンパク質科学。 24508–524 (2015)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • ヤン、J.ら。予測された残基配向を使用したタンパク質構造予測の向上。 退院した。国立アカデミー。科学。米国 1171496–1503 (2020)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • スパーク・ジョーンズ、K. 文書検索システム (P.ウィレット編)132–142(テイラー・グラハム・プレス、1988年)。

  • シグリスト、CJ et al. ProRule: PROSITE プロファイルに関する機能および構造情報を含む新しいデータベース。 バイオインフォマティクス 214060–4066 (2005)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • ローリングス、ND et al. 2017 年のタンパク質分解酵素、その基質および阻害剤の MEROPS データベースと、PANTHER データベースのペプターゼとの比較。 核酸研究所 46D624–D632 (2018)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • チャンドニア、J.-M.他。 SCOPe: タンパク質の構造分類の改善 – バリアントの解釈と機械学習を容易にする拡張されたデータベース。 核酸研究所 50D553–D559 (2022)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Gilchrist, CLM、Mirdita, M.、Steinegger, M. FoldMason によるマルチスケールタンパク質構造アライメント。 科学 391485–488 (2026)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • リベイロ、AJM et al. Mechanism and Catalytic Site Atlas (M-CSA): 酵素反応機構と活性部位のデータベース。 核酸研究所 46D618–D623 (2018)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • ベッカー、A.など。鉄中心、基質認識およびペプチドデホルミラーゼの機構。 ナット。構造。スタンピング。 51053 ~ 1058 年 (1998 年)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • Del Alamo, D.、Sala, D.、Mchaourab, HS & Meil​​er, J. AlphaFold2 を使用したトランスポーターと受容体の代替立体構造状態のサンプリング。 eライフ 11e75751 (2022)。

    記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Zhang、J.ら。ヒトプロテオームにおけるタンパク質間相互作用の予測。 科学 390edt1630 (2025)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • Kim, RS、Levy Karin, E.、Mirdita, M.、Chikhi, R.、Steinegger, M. BFVD – 予測ウイルスタンパク質構造の大規模データベース。 核酸研究所 53D340–D347 (2025)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Barker, JA & Thornton, JM 制約ベースの構造パターン マッチング アルゴリズム: 統計分析による 3D パターンへの応用。 バイオインフォマティクス 191644 ~ 1649 年 (2003 年)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • エイブラムソン、J. et al. AlphaFold 3 との生体分子相互作用の正確な構造予測。 自然 630493–500 (2024)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Kim, H.、Mirdita, M. & Steinegger, M. Foldcomp: 大きなタンパク質構造セットの圧縮とインデックス付けのためのライブラリとフォーマット。 バイオインフォマティクス 39btad153 (2023)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Tarjan, R. 深さ優先および線形グラフ検索アルゴリズム。 サイアム J. コンピューティング。 1146–160 (1972)。

    Google Scholar の記事

  • Sharir, M. 強力な接続アルゴリズムとデータ フロー分析におけるそのアプリケーション。 コンピュータ化。数学。応用 767–72 (1981)。

    Google Scholar の記事

  • Kabsch, W. 2 セットのベクトル間の関係に対する最適な回転ソリューション。 アクタクリスタログル。あ 32922–923 (1976)。

    Google Scholar の記事

  • Zhang, Y. & Skolnick, J. TM-align: TM スコアに基づくタンパク質構造アラインメント アルゴリズム。 核酸研究所 332302–2309 (2005)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Zemla, A. LGA: タンパク質構造の三次元類似性を見つける方法。 核酸研究所 313370–3374 (2003)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Barrow、HG、Tenenbaum、JM、Bolles、RC & Wolf、HC パラメトリック対応と勾配マッチング: 2 つの新しい画像マッチング技術。の上 退院した。第5回人工知能に関する共同国際会議 (R.レディ編)659–663(モーガン・カウフマン出版社、1977年)。

  • Huttenlocher, DP、Klanderman, GA、Rucklidge, WJ ハウスドルフ距離を使用した画像比較。 IEEEトランス。パターンアナル。マッハ。インテル。 15850–863 (2002)。

    Google Scholar の記事

  • Maity, D. & Qiao, B. AlloBench: アロステリック サイト予測ツールの開発とベンチマークのためのデータセット パイプライン。 オメガACS 1017973 ~ 17982 (2025)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 彼、C.ら。 ASD2023: アロステリック知識ベースのランドスケープの統合に向けて。 核酸研究所 52D376–D383 (2024)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • Mirdita, M.、Steinegger, M. & Söding, J. MMseqs2 デスクトップ アプリケーションおよびローカル Web サーバーにより、高速かつ対話型の配列検索が可能になります。 バイオインフォマティクス 352856 ~ 2858 年 (2019 年)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Rose, AS & Hildebrand, PW NGL Viewer: 分子イメージング用の Web アプリケーション。 核酸研究所 43W576–W579 (2015)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Lee, S.、Kim, J.、Mirdita, M.、Gilchrist, CLM & Steinegger, M. Metabuli アプリを使用した簡単でインタラクティブな分類学的プロファイリング。 バイオインフォマティクス 41btaf557 (2025)。

    CAS 記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Ester, M.、Kriegel, H.-P.、Sander, J. & Xu, X. ノイズのある大規模空間データベースでクラスターを発見するための密度ベースのアルゴリズム。の上 退院した。知識発見とデータマイニングに関する第 2 回国際会議 (Simoudis、E. 他編)226–231(AAAI Press、1996)。

  • Kim, H.、Kim, RS、Mirdita, M.、および Steinegger, M. Folddisco を使用してタンパク質の世界全体の構造モチーフを検索するためのデータ。 ゼノド https://doi.org/10.5281/zenodo.18443780 (2026)。

  • Leave a Reply

    Your email address will not be published. Required fields are marked *

    ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಚುನಾವಣಾ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಸಿಎ ಚುನಾವಣಾ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಚುನಾವಣಾ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಚುನಾವಣೆ ಚುನಾವಣಾ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಇಂದು ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಚುನಾವಣಾ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಸಿಎ ಗವರ್ನರ್ ರೇಸ್ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಗವರ್ನರ್ ಸ್ಟೀವ್ ಹಿಲ್ಟನ್ ಗವರ್ನರ್ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಚುನಾವಣೆಗಳು ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಚುನಾವಣಾ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು 2026 ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಗವರ್ನರ್ ರೇಸ್ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಸಿಎ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಪ್ರಾಥಮಿಕ 2026 ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಗವರ್ನರ್ ರೇಸ್ ಪೋಲ್ಸ್ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾದ ಗವರ್ನರ್ ಅನ್ನು ಯಾರು ಗೆದ್ದರು ಲಾ ಗವರ್ನರ್ ರೇಸ್ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಗವರ್ನರ್ ರೇಸ್ ಅನ್ನು ಯಾರು ಗೆದ್ದರು ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು 2026 ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಸಿಎ ಗವರ್ನರ್ ರೇಸ್ ಸಿಎ ಚುನಾವಣಾ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು 2026 ಗ್ಯಾವಿನ್ ನ್ಯೂಸಮ್ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಗವರ್ನರ್ 2026 ಅನ್ನು ಯಾರು ಗೆದ್ದರು ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಗವರ್ನರ್ ಪ್ರೈಮರಿ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾದಲ್ಲಿ ಗವರ್ನರ್ ರೇಸ್ ಅನ್ನು ಯಾರು ಗೆದ್ದರು ಸಿಎ ಪ್ರೈಮರಿ ಚುನಾವಣಾ ದಿನ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಗವರ್ನರ್ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಗವರ್ನರ್ ಚುನಾವಣಾ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಚುನಾವಣೆ ಸಿಎ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಚುನಾವಣೆ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಚುನಾವಣೆಗಳು ಸಿಎ ಚುನಾವಣೆಗಳು ಸಿಎ ಗವರ್ನರ್ ಹಿಲ್ಟನ್ ಗವರ್ನರ್ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಚುನಾವಣೆ ಗವರ್ನರ್ ರೇಸ್ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಸಿಎ ಗವರ್ನರ್ ರೇಸ್ ಪೋಲ್ಸ್ ಲೈವ್ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಚುನಾವಣೆ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಗವರ್ನರ್ ರೇಸ್ ಅನ್ನು ಯಾರು ಗೆಲ್ಲುತ್ತಿದ್ದಾರೆ ಚುನಾವಣೆ ಸಿಎ ಚುನಾವಣೆ ಬೆಕೆರಾ ಗವರ್ನರ್ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಮತದಾನದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಸ್ಟೀವ್ ಹಿಲ್ಟನ್ ಯಾರು ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಗವರ್ನರ್ ಚುನಾವಣೆ ಸಿಎ ಚುನಾವಣೆ ಸಿಎ ಚುನಾವಣೆಗಳು ಸಿಎ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಚುನಾವಣೆಗಳು ಚುನಾವಣೆಗಳು ಇಂದು ಚುನಾವಣಾ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಸಿಎ ಗವರ್ನರ್ ರೇಸ್ ಅನ್ನು ಯಾರು ಗೆಲ್ಲುತ್ತಾರೆ ಸಿಎ ಮತದಾನದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಸಿಎ ಚುನಾವಣೆಗಳು 2026 ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಗವರ್ನರ್ ರೇಸ್